Nowa generacja YZF-R1 jest bliżej powiązana z M1, naszym zwycięskim motocyklem w MotoGP, niż kiedykolwiek. Na 2009 rok ten legendarny motocykl został wyposażony w całkiem nowy czterocylindrowy silnik o pojemności 998 cm3 wyposażony w wał korbowy o kącie rozwarcia czopów 90 zapewniający pracę cylindrów w niespotykanej dotąd kolejności 270 - 180 - 90 - 180 .

To innowacyjne rozwiązanie zapewnia wspaniały liniowy przyrost mocy i niesamowite uczucie bezpośredniego połaczenia manetki gazu z tylnym kołem. Nowy silnik działa płynniej niż kiedykolwiek, a pomruk wydechu jest wprost niezapomniany.

Dostarczając 182 KM mocy przy 12,500 obr/min i 115.5 Nm przy 10,000 obr/min, ten inspirowany na MotoGP silnik jest najbardziej technologicznie zaawansowaną fabryką mocy kiedykolwiek dostępną w motocyklach wyścigowych Yamaha.